Por ser CFA una Cooperativa financiera, se encuentra sujeta al control y supervisión de la SUPERINTENDENCIA FINANCIERA DE COLOMBIA, quien es encargada de supervisar el sistema financiero colombiano con el fin de preservar su estabilidad, seguridad y confianza, así como, promover, organizar y desarrollar el mercado de valores colombiano y la protección de los inversionistas, ahorradores y asegurados; igualmente CFA está regida por las leyes 79 de 1988 y 454 de 1998.
El otro órgano que supervisa a CFA es FOGACOOP (Fondo de Garantías de Entidades Cooperativas), que actúa como administrador de las reservas correspondientes al seguro de depósitos, así como de los demás fondos y reservas que se constituyan con el fin de atender los distintos riesgos asociados a la actividad financiera cooperativa cuya administración se le asigne y no corresponda por ley a otra entidad.
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